Một sự kế tiếp các truyền thống thương mại đã có ảnh hưởng thống trị với thương mại giữa Trung Quốc và Ấn Độ. Ban đầu, hàng hóa được chở bằng tàu qua Phù Nam tới eo đất Kra, được chuyển tiếp qua vùng đất hẹp, và sau đó lại chuyển lên tàu đến Ấn Độ và các điểm phía tây. Khoảng thế kỷ thứ sáu những nhà buôn bắt đầu đi thuyền tới Srivijaya nơi hàng hóa được chuyên chở trực tiếp bằng tàu. Những giới hạn về kỹ thuật và gió ngược làm cho những con tàu ở thời gian đó không thể đi trực tiếp từ Biển Ấn Độ tới Biển Đông. Kiểu hệ thống buôn bán thứ ba của thương mại trực tiếp giữa Ấn Độ và những vùng ven biển Trung Quốc.

Chúng ta còn biết rất ít về những đức tin tôn giáo và những hoạt động tôn giáo ở Đông Nam Á trước khi những nhà buôn Ấn Độ tới đó và những ảnh hưởng tôn giáo từ thế kỷ thứ hai TCN trở đi. Trước thế kỷ 13, Phật giáo và Ấn Độ giáo là những tôn giáo chính ở Đông Nam Á.

Quyền lực thống trị đầu tiên xuất hiện ở vùng quần đảo là Srivijaya ở Sumatra. Từ thế kỷ thứ năm, thủ đô Palembang, trở thành một cảng biển chính và hoạt động như một trung tâm xuất nhập khẩu trên Con đường gia vị giữa Ấn Độ và Trung Quốc. Srivijaya cũng là trung tâm nổi tiếng dạy dỗ và lan truyền ảnh hưởng Phật giáo của Vajrayana. Sự giàu có và tầm ảnh hưởng của Srivijaya giảm đi khi những thay đổi trong kỹ thuật hàng hải của thế kỷ thứ mười cho phép các thương nhân Ấn Độ và Trung Quốc chở hàng hoá bằng tàu trực tiếp từ nước nọ tới nước kia và cho phép quốc gia Chola ở phía nam Ấn Độ thực hiện nhiều vụ tấn công phá huỷ vào những cơ sở của Srivijaya, chấm dứt vai trò trung tâm xuất nhập khẩu của Palembang.

Những nhà buôn Hồi giáo bắt đầu tới Đông Nam Á vào thế kỷ mười hai. Pasai là quốc gia Hồi giáo đầu tiên. Srivijaya cuối cùng đã sụp đổ sau cuộc xung đột nội bộ. Vương quốc Hồi giáo Malacca, được lập nên bởi một hoàng tử Srivijayan nổi lên chiếm ưu thế dưới sự bảo trợ của người Trung Quốc và chiếm lấy vai trò của Srivijaya. Hồi giáo lan rộng ra khắp khu vực quần đảo vào thế kỷ 13 và thế kỷ 14 làm giảm tầm ảnh hưởng của Hindu giáo khi Malacca (sau khi thay đổi nhà cai trị) hoạt động như vùng trung tâm của Đạo Hồi trong vùng.

Các quốc gia Hồi giáo khác như Brunei ở Borneo và Sulu ở Philippines hiện nay có rất ít quan hệ với nhau.